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微生物研究所成立于1958年12月3日。半個世紀(jì)以來，經(jīng)過幾代人的不懈努力，本所已經(jīng)發(fā)展成為一個具有雄厚基礎(chǔ)、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學(xué)研究機構(gòu)。
本所原位于北京市海淀區(qū)中關(guān)村。2007年3月，本所大部遷址至北京北郊科學(xué)院奧運園區(qū)，東鄰奧林匹克國家公園。新址面積約為23000平方米。全所現(xiàn)有職工430余人，其中中國科學(xué)院院士6人；研究生和博士后420人。
微生物通常形體微小，但與其他生物相比，其生物量極為龐大，生物多樣性最為豐富，分布也最為廣泛。在自然界，微生物參與元素循環(huán)，推動物質(zhì)轉(zhuǎn)化，影響我們的生存環(huán)境。微生物與人類關(guān)系密切，人體表面及體內(nèi)的正常微生物菌群有益于人類健康，但少數(shù)微生物能夠引起人類疾病。人類對微生物的利用有著悠久的歷史（例如：制曲、釀酒、制醬、釀醋等），如今已經(jīng)融入了我們?nèi)粘Ｉ畹姆椒矫婷?。作為一種簡單的生命形式，微生物在現(xiàn)代生物學(xué)中被當(dāng)作模式生物，對認識生命的基本規(guī)律發(fā)揮了至關(guān)重要的作用，并幫助催生了分子生物學(xué)等新興生物學(xué)科。
自成立以來，本所在微生物基礎(chǔ)研究和應(yīng)用開發(fā)方面取得了一系列重要成果，對我國經(jīng)濟和社會的發(fā)展作出了重要貢獻。2001年進入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程試點以來，本所開始了新的征程。依靠不斷增加的科技投入，通過學(xué)科凝練和人才引進，本所在微生物資源收集、微生物分類和功能評估、極端環(huán)境微生物、微生物次生代謝、微生物基因組學(xué)、微生物與植物相互作用、分子病毒學(xué)、新發(fā)傳染病等領(lǐng)域，形成了自己的特色和優(yōu)勢。目前，本所不僅擁有一支具有國際競爭力的研究隊伍，還具備了強大的科研支撐能力。本所的微生物菌種保藏中心所保藏的菌種數(shù)量在國內(nèi)首屈一指，真菌標(biāo)本館的標(biāo)本數(shù)量則為亞洲之最，研究所的儀器裝備達到了國際先進水平。
進入21世紀(jì)以來，人類所面臨的資源、能源和環(huán)境等方面的問題日趨嚴(yán)重，新發(fā)和再發(fā)傳染病也一再發(fā)生。面對這些挑戰(zhàn)，本所將牢固樹立和進一步貫徹落實科學(xué)發(fā)展觀，充分發(fā)揮自身優(yōu)勢，凝聚優(yōu)秀人才，積極開展相關(guān)研究，努力為解決上述問題提供創(chuàng)新性解決方案，為實現(xiàn)人類與環(huán)境的和諧作出更大的貢獻。